サックス（に限らず木管楽器は全般だと思うけど）は調合、もしくは臨時記号で「#」は大丈夫だけど「♭」は苦手というのは圧倒的に多いです。自分も例外ではなく、♭は苦手です。
もちろんこれは楽譜的にも理由はあると思います。やはりサックスで渡される楽譜は「#」の付くほうが圧倒的に多いから。
でも、原因は楽器の構造、というか運指の覚え方にも原因があると思っています。
例えばソ＃/ラ♭。これの運指の覚え方は「ソ+左手の小指」となっていませんか？同じようにレ＃/ミ♭も「レ+右手小指」に。
自然と小指を足すという、#系の運指として覚えているんですよね。
ド#/レ♭もそうです。低音の方はテーブルキーの小指を足すと考えるし、高音の方は中指のドから離すと考えるはずです。
となると、やはり♭を一度#に頭の中で置き換える作業がいるので、遅い→弱点となっちゃいます。
「シ♭/ラ#」は特殊かもしれません。結構「ラ#」よりも「シ♭」で考える人のほうが多いですね。
ちなみに、自分の場合はシ♭とラ#で運指を使い分けています。ラ#は右手のサイドキー（taキー）を使用し、シ♭はBisキーを使用した運指です。
理由は使いやすい運指というのもありますが、ラ#で表記される場合はシ（ナチュラル）が出てくるのでBisキーを使う運指が難しくなるからです。もちろん前後関係を見て簡単な運指としてBisキーを使うこともありますが。
もう一つの理由が「シ♭」でBisキーを使う運指は「シ（ナチュラル）」と同じ左手の人差し指を使い、「ラ#」で右手のサイドキー（taキー）は「ラ+右手」と考えて、音階名に合わせた運指にしやすいというのもあります。
自分のように運指の使い分けは珍しいかもしれませんが、置き換えなくてもいい分、楽な方法と考えています。
さて、根本的な理由は♭→#運指に置き換える亊ですが、ほぼ似た運指のフルートの人に「♭って苦手？」と聞くとそうでもないんですよね。指は#系運指として覚えるほうが簡単なのに。
となると、完全に「慣れの問題」ですね。フルートなどの実音系の楽器って♭の調合が多いので自然と慣れるようです。
前述の「ラ#/シ♭」では「シ♭」で考える人が多いということも考えるとシ♭のほうが楽譜で多く出てくるので。
♭の楽譜に慣れろってことになるんですが、12Keysのスケール練習も徹底的に♭にこだわり、#に置き換えないようにすること。マイナーキーの練習は♭だらけになるので超効果的ですね。
スケール練習は指を動かす練習ではなく、♭の運指に慣れる意味もあると思ってみます。
